Αν και τα προβιοτικά θεωρούνται ωφέλιμα για την υγεία, για μερικούς ανθρώπους, η αρχική κατάποση αυτών των μικροοργανισμών μπορεί να προκαλέσει μια σειρά από δυσάρεστα συμπτώματα. Όταν παίρνουν για πρώτη φορά προβιοτικά, μερικοί άνθρωποι μπορεί να εμφανίσουν συμπτώματα όπως φούσκωμα, διάρροια, πονοκεφάλους, πυρετό, μυϊκό πόνο, εγκεφαλική ομίχλη και πιθανώς άγχος. Αυτά τα συμπτώματα πιστεύεται ότι είναι μια απόκριση σε αλλαγές που συμβαίνουν στο σώμα, όπως ο θάνατος πιθανών παθογόνων ή η επανενεργοποίηση των εντερικών αποκρίσεων, ένα φαινόμενο που μερικές φορές αναφέρεται ως «αντίδραση Herxheimer».
Η αντίδραση Herxheimer είναι μια αρχική απόκριση που συνήθως υποδεικνύει ότι το σώμα προσαρμόζεται σε ένα νέο μικροβιακό περιβάλλον. Αυτό μπορεί να οφείλεται στην αλληλεπίδραση των προβιοτικών με την υπάρχουσα μικροβιακή κοινότητα, προκαλώντας τον θάνατο των βακτηρίων ή την απελευθέρωση μεταβολιτών που προκαλούν αυτά τα συμπτώματα. Αν και είναι άβολη, αυτή η αντίδραση είναι συνήθως βραχύβια και υποχωρεί γρήγορα. Μπορεί να θεωρηθεί ως μέρος της διαδικασίας ομοιόστασης του σώματος.
Αυτό επηρεάζει συνήθως μόνο έναν μικρό αριθμό ατόμων, με τα συμπτώματα να είναι ήπια και συνήθως διαρκούν μόνο λίγες ημέρες έως μερικές εβδομάδες. Εάν αυτά τα συμπτώματα σας κάνουν να νιώθετε άβολα, μπορείτε να μειώσετε τη δόση σας ή να σταματήσετε να τη χρησιμοποιείτε για μερικές ημέρες πριν προσπαθήσετε ξανά. Εάν αυτά τα συμπτώματα επιμείνουν για περισσότερο από μερικές εβδομάδες, σταματήστε να το χρησιμοποιείτε. εάν έχετε δύσπνοια, σφιγμένο λαιμό, κνίδωση ή άλλα συμπτώματα αλλεργικών αντιδράσεων, σταματήστε αμέσως να το χρησιμοποιείτε. Για να μειώσετε την πιθανότητα παρενεργειών, ειδικά για όσους έχουν ευαίσθητο πεπτικό σύστημα, είναι συνετό να ξεκινήσετε με μια μικρή ποσότητα προβιοτικών και στη συνέχεια να αυξήσετε τη δόση μέσα σε λίγες εβδομάδες.
Τα προβιοτικά πρέπει να χρησιμοποιούνται με ιδιαίτερη προσοχή σε άτομα με σοβαρές ανοσοανεπάρκειες, καθώς σε σπάνιες περιπτώσεις, η κατάποση προβιοτικών μπορεί να οδηγήσει σε μόλυνση. Αυτό συμβαίνει επειδή το ανοσοποιητικό σύστημα δεν μπορεί να ελέγξει αποτελεσματικά τον πολλαπλασιασμό των μικροοργανισμών στο σώμα, προκαλώντας τον κίνδυνο μόλυνσης.
Μερικοί άνθρωποι μπορεί να έχουν αλλεργικές αντιδράσεις σε ορισμένους τύπους προβιοτικών, ειδικά σε ζυμομύκητες που σχετίζονται με το Saccharomyces boulardii. Άλλοι τύποι προβιοτικών, όπως οι γαλακτοβάκιλλοι, γενικά δεν προκαλούν αλλεργικές αντιδράσεις.
Ορισμένα προβιοτικά μπορούν να παράγουν ισταμίνη στο πεπτικό σύστημα. Η υπερβολική απελευθέρωση ισταμίνης μπορεί να προκαλέσει συμπτώματα όπως κνησμό, αυξημένη παραγωγή δακρύων, ρινική καταρροή, δυσκολία στην αναπνοή, ερυθρότητα και πρήξιμο, ειδικά για όσους έχουν δυσανεξία στην ισταμίνη. Αποφύγετε αυτά τα προβιοτικά στελέχη για να αποφύγετε την ενόχληση.