Υπάρχουν εννέα προκλήσεις στις οποία πρέπει να εστιάσετε όταν ενσωματώνετε προβιοτικά σε μήτρες τροφίμων. Είναι: 1. επιλογή στελέχους, 2. παραγωγή στελέχους, 3. πώς να εμβολιάσουν τα τρόφιμα, 4. πώς να εξασφαλιστεί η επιβίωση κατά τη διάρκεια της επεξεργασίας, 5. πώς να αποφευχθεί η απώλεια βιωσιμότητας κατά τη διάρκεια της αποθήκευσης, 6. πώς να υπολογιστεί ο αριθμός αποικίας [προβιοτικών] 7. Επιδράσεις στις αισθητηριακές ιδιότητες των τροφίμων, 8. [Διατήρηση της σταθερότητας του προϊόντος] στα σπίτια των καταναλωτών, 9. Και να παίξει ρόλο στο γαστρεντερικό σωλήνα.
Συγκεκριμένα, στους χυμούς, τα οργανικά οξέα συχνά φέρνουν το pH του προϊόντος κάτω από 4, γεγονός που θα εμποδίσει την επιβίωση των προβιοτικών. Κατά την επιλογή, θα πρέπει να λαμβάνονται υπόψη εκείνα τα προβιοτικά που ανέχονται χαμηλό pH, όπως το Lactobacillus έναντι του Bifidobacterium.